メディアの報道姿勢も、消費者の意識形成に決定的な影響を与えた。NHKスペシャルをはじめとするドキュメンタリー番組や報道番組が、水素医学の先進的な現場と粗悪なビジネスの現場を対比させて報じると、議論はさらに過熱。大手ポータルサイトのYahoo!ニュースでは連日のようにコメント欄が炎上し、専門家と一般ユーザーが激しい論争を繰り広げた。
世間の関心は、「水素は疑似科学・ファクトチェックの対象とすべきオカルトなのか、それとも医療現場で使われる代替医療・補完療法の一種なのか」という点に集まった。当時、科学的検証を経ないまま「万病に効く」と主張する姿勢は疑似科学として厳しく批判された。一方で、現在では特定の先進医療やリハビリテーション分野において、高濃度の水素ガス吸入療法などが医療機関で実用化・研究されている。商品としての「水素水」と「医療アプローチとしての水素」を切り離してファクトチェックを行わなかった初期の過熱報道が、消費者の混乱を助長した側面は否定できない。
