長期にわたる法廷闘争は、日本の司法史においても教育における体罰の違法性を問う象徴的な裁判となった。被告側は「体罰は緊急避難的措置であり、精神疾患や非行を治癒するための教育行為である」と無罪を主張し続けたが、司法が下した判断は極めて厳格なものであった。
2002年、最高裁判所は被告の上告を棄却し、校長に対する実刑判決が確定した。裁判所は、一連の暴力行為を教育の範囲を大幅に逸脱した違法な暴行・監禁・傷害致死と断定し、いかなる理念があろうとも人権を侵害する体罰は正当化されないという明確な法的判断を示した。これにより戸塚ヨットスクールの指導体制に対する道義的・法的責任は決定的なものとなった。
