本殿は、前後ふたつの建物が一つに合体した「八幡造（はちまんづくり）」という独特の構造を持つ。前殿と後殿の間に「相の間」を挟むこの様式は、全国の八幡宮でも極めて珍しい。現存する社殿は1634年に三代将軍徳川家光の寄進で完成したものだが、その細部には織田信長や豊臣秀吉といった前代の権力者たちの影が濃く残る。
社殿を彩る色鮮やかな欄間彫刻には意向が凝らされている。有名な「向拝の猫」や「カマキリ」の装飾、そして神使とされる二匹の鳩。よく見ると、二匹の鳩の視線が微妙に向かい合い、向かって右側の鳩は少し頭を下げて一礼しているようにも見える。信長が寄進した「黄金色の雨樋（黄金樋）」も現存し、実用性と権威の象徴が融合した稀有な遺構として、社殿内部に圧倒的な存在感を放っている。
