相次ぐ重大誤報の発覚により、社内は未曾有の混乱に陥った。2014年9月、当時の代表取締役社長であった木村伊量氏は緊急記者会見を開き、吉田調書報道の撤回と読者への謝罪を表明。同時に、従軍慰安婦問題の検証の遅れについても頭を下げた。最終的に木村氏は社長辞任へと追い込まれる。
自浄作用の欠如は、第三者機関による厳しい指弾を受けた。加盟社として名を連ねる日本新聞協会においても、報道の信用を著しく損ねたとして重い処分が検討される事態となった。部数の激減や広告出稿の差し控えなど、経営面での打撃は計り知れず、権力批判の急先鋒であったはずの新聞社は、皮肉にも自らの倫理的不正によって社会的な裁きを受けることとなった。
