長年、戦国時代史の通説では、山上の全伽藍が燃え尽き、数千人が皆殺しにされたとされてきた。しかし、歴史学・考古学の探求は2026年現在、その凄惨な伝説の裏にある冷徹な事実に光を当てている。
比叡山各地で行われた最新の発掘調査によると、大規模な焼土層や炭化物が検出されたのは根本中堂や一部の主要寺院周辺に限定されていた。全山が灰燼に帰したわけではなく、大部分の宿坊や広大な森林エリアは火災の被害を免れていたのだ。織田信長が下した焦土作戦は、無差別の破壊ではなく、敵対勢力の拠点にターゲットを絞った軍事行動であった可能性が極めて高い。