どれほど立派な神棚を設けても、配置してはならない「禁忌の位置」を選んでしまっては元も子もない。まず避けるべきは、北東にあたる「鬼門」と、その対角である南西の「裏鬼門」だ。陰陽道や風水において気の通り道とされるこれらの角は、不浄や変化が起きやすい場所とされるため、神棚の設置には不向きである。
住居内の動線や機能面におけるNG例も存在する。例えば、トイレや浴室などの水回りと背中合わせになる壁面や、扉の開閉が激しいドアの上、廊下の突き当たりなどは避けなければならない。静けさと清浄さが保てないばかりか、絶えず人が行き交う落ち着かない環境になってしまうからだ。
また、2階建ての1階部分やマンションの階下などに設置する場合、神棚の上を人が歩く構造になることも大きなNG例とされる。神様の上に足を踏み入れる形になるため、建築構造上の工夫が必要不可欠となる。