100系ハイエースを語る上で外せないのが、搭載されたディーゼルエンジンの卓越した信頼性です。特に1993年のマイナーチェンジでワゴンに投入され、後にバンモデルにも展開された1KZ型（3.0L直列4気筒ディーゼルターボ）の評判は、四半世紀を超えた今なお伝説として語り継がれています。
1KZエンジンは、低回転域から太いトルクを発生させ、フル積載時や急勾配の登坂路でもストレスなく巨体を加速させる圧倒的な粘り強さを誇ります。アルミヘッドを採用しながらもシリンダーブロックの強度が極めて高く、適切な油脂類の交換さえ怠らなければ、100系ハイエースの耐久性と寿命は一般的な乗用車の水準を遥かに凌駕します。国内の配送現場や海外のタクシーユースにおいて、50万kmはおろか100万km以上の走行を記録した実例が多数報告されています。
また、ターボ非搭載の「3L型（2.8L自然吸気ディーゼル）」や「5L型（3.0L自然吸気ディーゼル）」も、電子制御を極力排したタフな商用エンジンとして高い評価を得ています。機械式燃料噴射ポンプを採用した初期・中期のディーゼルユニットは、多少の燃料品質のバラつきにも耐えうる頑強さを備えており、これが世界中の整備士から絶大な信頼を寄せられる根拠となっています。
