ポケストップから直接ドロップする通常タマゴとは異なり、特定の行動やリワードによってのみ入手できる特殊なタマゴが存在します。これらは独自の中身テーブルを持ち、コレクターや対戦勢にとって見逃せないラインナップとなっています。
ロケット団の12kmタマゴ入手方法は、したっぱを倒して「ロケットレーダー」を完成させ、リーダー（クリフ、シエラ、アルロ）に勝利することです。このとき、手持ちのタマゴ枠またはボーナススペースに空きがないと受け取れない点には注意が必要です。気になる12kmタマゴの中身は、進化にメスが必須となる激レア枠のヤトウモリをはじめ、PvP（対戦）で根強い人気を誇るバルチャイやコマタナ、メグロコなどが並ぶ、やり込み勢垂涎の構成です。
フレンドからのギフト開封で手に入る7kmタマゴは、アローラやガラルの「リージョンフォーム」や一部のベイビィポケモンが中心となります。地域限定ポケモンの特別イベント時にも7kmタマゴが主役に据えられるケースが多いため、公式アナウンスには常にアンテナを張っておく必要があります。
さらに見逃せないのが、毎週月曜日午前9時に配布される週間リワードのタマゴです。1週間の累計歩行距離が25kmおよび50kmに達していると、特別な5kmタマゴや10kmタマゴが付与されます。この週間リワード産タマゴは通常のポケストップ産に比べてプール内の候補が絞られており、高個体値のレアポケモンを狙い撃ちしやすい仕様となっています。
