運転見合わせによって会社や学校へ遅刻せざるを得ない場合、必要となるのが山手線の遅延証明書です。かつてのように駅の窓口に長い列を作って紙の証明書をもらう必要は現在ありません。
JR東日本では、始発から最終列車までの遅延状況をホームページおよびJR東日本アプリ上で集約し、Web遅延証明書として発行しています。遅延時間（10分・20分・30分・60分以上など）ごとに証明データが掲載されており、スマートフォンからPDF表示や画面キャプチャを保存するだけで、提出用として広く認められています。
また、運転見合わせによって移動を取りやめ、旅行や外出を中止した場合には、JR東日本の振替輸送・払い戻し規定に基づく救済措置が適用されます。
【運行不能時の払い戻しルール】
- 普通乗車券（紙のきっぷ）：旅行を取りやめる場合、無手数料で全額払い戻しを受けられます。途中駅で運転不能となった場合は、出発駅まで無料で戻る（無賃送還）ことも可能です。
- ICカード（チャージ利用）：改札内に入場したものの、列車が動かず出場する場合は、改札窓口で駅係員に処理を依頼すれば入場運賃は引かれません。
- 定期券の払い戻し：山手線を含むJR東日本の定期券は、連続して5日以上運行不能となった場合等を除き、数時間の運転見合わせによる日割り払い戻しは原則行われません。
