アクアドームくまもとを賢く使いこなすための第一歩は、施設ごとの利用形態と正確な利用料金を把握することです。公営施設ならではのリーズナブルな価格設定が魅力ですが、プールの種別（メイン・サブ）や冬季のスケート営業時では適用される料金区分が明確に分かれています。
通年で稼働している25mの温水サブプールは、一般（高校生以上）が2時間につき約400円〜600円程度、小・中学生が約200円〜300円程度で利用可能です。一方、冬季限定で開設されるメインアリーナのアイススケートリンクは、一般滑走料として大人約1,400円、中高生約1,000円、小学生以下約750円が基本水準となります。これに加えてマイシューズを持参しない場合は、一律400円前後の貸靴（レンタルシューズ）料金が別途必要となる点に注意してください。
また、一般開放スケジュールは固定ではありません。大会や専用利用が入っていない時間帯のみ「一般開放」として一般利用者に門戸が開かれます。営業時間は通常午前9時から午後10時まで（日曜・祝日は午後9時閉館の場合あり）ですが、毎週水曜日（祝日の場合は翌平日）および年末年始（12月29日〜1月3日）は定期休館日に設定されています。さらに、秋から冬にかけての「プールからスケートリンクへの氷張り転換期間」および春先の「解氷・プール復元期間」には、メインアリーナが数週間にわたりメンテナンス休止となるため、直前の公式スケジュール表のチェックが不可欠です。
