六道珍皇寺へのアクセスは、公共交通機関の利用が最もスムーズです。
最寄りのバス停は京都市バスの「清水道」または「五条坂」で、下車後徒歩約5分ほどで到着します。電車を利用する場合は、京阪本線「清水五条駅」から徒歩約15分、もしくは「祇園四条駅」から徒歩約18分です。
清水寺や八坂神社、建仁寺といった屈指の名所から徒歩圏内にありながら、境内は比較的落ち着いた雰囲気を保っています。じっくりと冥界伝説の余韻に浸りたい場合は、午前中の早い時間帯（9時〜10時頃）の参拝が最適です。悪縁切りの神社として名高い「安井金比羅宮」や、幽霊子育飴で知られる「みなとや幽霊子育飴本舗」もすぐ近隣に位置しており、東山のディープな歴史探訪コースとして巡ることができます。
