閉店後、アピタ伊賀上野店の建物は一定期間残されていましたが、大規模な解体工事が着工され、数カ月をかけて巨大な2階建ての建物および立体駐車場が完全に撤去されました。
現在の現地（三重県伊賀市服部町）は、かつての巨大店舗の面影はなく、広大な更地が広がっています。敷地面積はおよそ3万㎡を超え、伊賀市内でもこれほどまとまった幹線道路沿いの平坦な用地は極めて希少です。
解体後の土地管理や所有権の移転動向については、不動産開発事業者やデベロッパーの間で水面下の交渉が続けられてきました。市街化調整区域や用途地域の指定、周辺道路の交通容量などを考慮しながら、どのような形で次世代の開発に繋げるかが慎重に検討されています。
