これほどの威容を誇った六勝寺が、なぜ現在ほぼ地上に残っていないのか。その消滅のプロセスには、単なる経年劣化ではない3つの決定的な構造的要因が存在します。
1. 相次ぐ大火災と「文治地震」による壊滅的物理打撃
第一の要因は、平安末期から鎌倉時代にかけて頻発した自然災害と火災です。法勝寺の八角九重塔は、1208年（承元2年）に落雷による火災で焼失しました。その後再建されたものの、1185年（元暦2年）の「文治地震」をはじめとする大地震によって諸堂が次々と倒壊・破損しました。鴨川の氾濫原に近い立地条件も災いし、水害と地盤の揺れによる物理的ダメージが伽藍を容赦なく蝕んだのです。
2. 武家社会への転換と「荘園経済基盤」の喪失
第二の、そして最も本質的な要因は、維持管理を支えていた経済システムの破綻です。六勝寺の広大な敷地と多数の僧侶、建物の修復費用は、全国から集まる莫大な荘園収入（院領荘園）と「成功（じょうごう：私財を出して官職を得る制度）」によって賄われていました。
しかし、平氏政権の崩壊から鎌倉幕府の成立に伴い、各地の荘園には武士（地頭）が配置され、年貢の横領が常態化します。天皇家・院の経済基盤が激減した結果、数百人規模の宮大工と膨大な木材・資金を必要とする巨大木造伽藍の再建・修繕は不可能となっていきました。
3. 南北朝・室町期の戦乱と都市機能の変容
鎌倉時代後期から室町時代にかけて、京都は度重なる戦乱の舞台となりました。南北朝の動乱や、1467年に勃発した応仁の乱により、白河一帯は軍勢の陣地や戦場と化し、残存していた堂宇も悉く灰燼に帰しました。戦国期を経て豊臣秀吉による京都大改造（御土居の築造など）が行われた頃には、白河エリアは農地や野原へと戻り、かつての巨大寺院群は完全に地中に埋もれてしまったのです。
