医療機関で処方される医療用医薬品「ビオフェルミン配合錠」と、薬局で購入できる市販の「新ビオフェルミンS錠」は、名前こそ似ているものの菌種構成と開発目的が異なる別物です。
市販の新ビオフェルミンS錠が「ビフィズス菌を含む3〜4種の複合乳酸菌」で構成されているのに対し、医療用のビオフェルミン配合錠は「ラクトミン（乳酸桿菌・乳酸球菌）」と「糖化菌」が主成分となっています。医療用は消化酵素の産生を助けたり、腸内発酵を促進したりする目的で処方されます。
さらに、抗生物質（抗菌薬）を処方された際に一緒に出される「ビオフェルミンR錠」という特殊な医療用医薬品も存在します。こちらは抗生物質の攻撃に耐えられるよう特殊耐性を持たせた耐性乳酸菌製剤です。市販の新ビオフェルミンS錠を抗生物質と一緒に飲むと、せっかくの乳酸菌が抗生物質によって死滅してしまうため、薬の併用時には医師・薬剤師の指示を仰ぐ必要があります。
