物語が第2部『BORUTO-ボルト- -TWO BLUE VORTEX』へと突入して以降、作中のパワーバランスは劇的な変貌を遂げた。かつての平穏は完全に消え去り、木ノ葉隠れの里はかつてない未曾有の危機に晒されている。集英社の月刊誌『Vジャンプ』で連載が続く本作において、前作『BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS』で見せた牧歌的な日常は完全に過去のものとなった。
青年へと成長したうずまきボルトが里を追われる立場となる一方で、里内部の防衛を一手に引き受ける形となったのが猿飛木ノ葉丸だ。王道少年漫画の枠組みを大きく超え、極限のサスペンスと研ぎ澄まされた忍者アクションが交錯する中、前線に立ち続ける彼にかかる負荷は計り知れない。敵の規格外の猛攻を前に、一瞬の油断が命取りとなる極限状態が続いている。