オリジナル版をプレイした咎人（プレイヤー）が最も気になるのは、システム面における変更点と改善点でしょう。Vita版は斬新なコンセプトを持っていた一方、ゲーム進行を阻む理不尽な要素が散見されました。リマスター版ではこれらに対して徹底的なメスが入っています。
最大の進化といえるのが武器強化システムの刷新です。かつては素材を投入しても望むモジュラー（付与スキル）が付くかは完全なランダムで、数多くのプレイヤーを絶望させた「モジュラー厳選の沼」が存在しました。本作では強化仕様が全面的に再構築され、プレイヤーの意図に沿ったスキル継承やステータス強化が可能になり、育成のストレスが劇的に低減しています。
さらに、ゲーム全体の難易度バランスの再調整も見逃せません。後半ミッションで猛威を振るった敵の超精度スナイパーライフルや、理不尽な連続被弾による即死コンボがマイルドに調整されました。味方NPCの救助優先AIも賢くなっており、理不尽なゲームオーバーを回避しやすくなっています。
