受診者が最も戸惑うのが、「5,000円程度だと思っていたら窓口で2万5,000円を請求された」というケースです。この差額が発生する構造的な理由は、大腸ポリープの切除が単なる検査のオプションではなく、公的医療保険上の「内視鏡的手術（Kコード）」として扱われる点にあります。
日本の診療報酬制度では、内視鏡でポリープを切除すると「内視鏡的大腸ポリープ・粘膜切除術」という手術料が算定されます。ポリープの最大径が2cm未満の場合で約5,000点（3割負担で約15,000円）、切除した組織の病理検査代や出血を防ぐための止血クリップ代などが加わるため、合計の窓口負担額が20,000円〜30,000円程度へと跳ね上がる仕組みです。
しかし、費用が上がる一方で大きなメリットも存在します。内視鏡によるポリープ切除は医学的にも保険契約上も正式な「手術」に該当するため、民間医療保険手術給付金対象となります。
医療保険や共済に加入している場合、「日帰り手術特約」が付帯されていれば、1回の手術につき25,000円〜10万円程度の手術給付金が支払われるケースが一般的です。結果として、窓口で支払った金額以上の給付金を受け取れる事例も多く、自己負担が実質ゼロどころかプラスになることも珍しくありません。
なお、同月内に複数の医療機関で高額な治療を受けたり、多数のポリープを切除して窓口負担が著しく高額になった場合は、大腸カメラ費用高額療養費制度の合算対象となります。一般的な所得区分（年収約370万〜770万円）であれば自己負担限度額（月額約8万〜9万円）を超えた分が高額療養費として後から払い戻されます。
