帝国の崩壊に強い危機感を抱いた急進派の貴族たちは、ラスプーチンの物理的排除を決意します。首謀者は、ロシア屈指の大富豪であり皇帝の姪の夫でもあったフェリックス・ユスポフ公爵と、皇帝の従兄弟であるドミトリー・パヴロヴィチ大公、極右議員のウラジーミル・プリシケヴィチらでした。
1916年12月29日深夜（グレゴリオ暦では1917年1月）、ユスポフ公爵の居城であるモイカ宮殿の地下室にラスプーチンが招かれました。ユスポフの回想録によれば、ここから世にもおぞましい「暗殺劇」が幕を開けます。
用意されたのは、致死量のシアン化カリウム（青酸カリ）が仕込まれたプチフール（ケーキ）とマデイラワイン。ラスプーチンはそれらを平然と平らげましたが、何の変化も見せず、ピアノの演奏を要求したといいます。焦ったユスポフは背後からリボルバーで彼の胸を撃ち抜き、ラスプーチンは床に倒れ込みました。
事件は終わったかに見えましたが、遺体を確認しようとしたユスポフの首に、突然目をカッと見開いたラスプーチンが飛びかかり、「フェリックス、お前を絞め殺してやる」と叫んで中庭へと逃走。驚愕した暗殺グループは雪の降り積もる中庭で彼に向けて銃弾を乱射し、頭部や背中に命中させてようやく倒したとされています。彼らは遺体を絨毯で包み、車でネヴァ川の支流であるマライア・ネフカ川の氷の割れ目へと投げ捨てました。
