付属高校を選択する最大のメリットの一つが、系列大学への進学ルートです。東海大札幌の内部進学・推薦枠は、東海大学が擁する全国19学部（文・教養・法・経済・理・工・情報通信・海洋・農・医など）への特別推薦制度がベースとなっています。
内部進学の選考において極めて重要となるのが、高校1年次から3年次にかけて実施される「学園基礎学力定着度試験」の成績と、校内の平常点（評定平均）です。学内順位や統一テストの結果に基づいて希望学部のマッチングが行われます。同じ敷地内にある札幌キャンパス（国際文化学部・生物学部）はもちろんのこと、神奈川県の湘南キャンパスや伊勢原キャンパス（医学部・健康学部など）、静岡県の清水キャンパス（海洋学部）など、道外キャンパスへの進学者も毎年多数輩出しています。
一方、東海大学付属札幌高校の進学実績は系列校進学だけに留まりません。特別進学コースを中心として、北海道大学をはじめとする国公立大学への合格者をコンスタントに出しているほか、MARCHや関関同立といった本州の難関私立大学、北海学園大学や北星学園大学などの地元主要私大への進学実績も堅調です。内部推薦の権利を保持したまま国公立大学に挑戦できる制度（学部・条件による規定あり）を活用し、リスクを抑えながら上位校を目指す受験生も存在します。
