コミックス最終14巻の大きな目玉となったのが、描き下ろし特別読み切り「EXTRA STAGE 夏色のエデン」です。ここで明かされた真希波・マリ・イラストリアスの過去は、当時のエヴァファンに凄まじい衝撃を与えました。
舞台は1998年の京都大学。16歳にして飛び級で大学に入学した天才少女・真希波マリは、同研究室の優秀な先輩である碇ユイ（当時・綾波ユイ）に強い憧憬と淡い恋心を抱いていました。
いつもユイの隣にいる無愛想な男・六分儀ゲンドウ（若き日の碇ゲンドウ）に対して強烈な嫉妬心を燃やしていたマリ。しかし、イギリス留学が決まったマリの送別の日、ユイは彼女の長い髪を優しく梳かし、自らがかけていた愛用のメガネをマリに手渡します。
新劇場版『破』から登場し、シン・エヴァで物語のキーマンとなったマリが、実はシンジの母・ユイの学生時代の後輩であったという事実。そしてマリが常に大切にかけていた赤縁メガネは、敬愛するユイから託されたものだったというルーツが明かされた瞬間でした。漫画版のこのエピソードは、新劇場版の世界観やマリの正体を補完する決定的なパズルのピースとして、現在も高く評価されています。
