風向きが決定的に変わったのは、公的機関による実態調査が行われた瞬間だった。国民生活センターは、市販されている水素水および関連器具の表示と実際の含有量に関する大規模なテストを実施。その結果、一部の商品から「水素が検出されない」「表示された濃度を大幅に下回っている」という衝撃的なデータが公表された。水に溶けた水素は極めて抜けやすく、容器の材質や保存状態によって容易に飛散してしまうという物理的特性が露呈したのだ。
これを受け、消費者庁も本格的な動きを見せた。不当景品類及び不当表示防止法に基づく景品表示法違反調査が実施され、根拠のない効果効能を表示して販売していた事業者に対して次々と行政指導や是正命令が下された。健康被害の予防や病気の改善といった効果をうたう行為は、薬機法（医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律）にも直結する違反行為となる。
法的な包囲網が狭まる中、スーパーや流通大手をはじめとする売り場は一斉に棚引きを開始した。過剰な効能表現を奪われた事業者は広告展開が不可能となり、市場は急速に冷え込んでいった。行政による手加減のない指導こそが、ブームの息の根を止めた最大のトリガーとなったのである。
