イオン大塔店は、国道35号線と西九州自動車道（佐世保大塔IC）が交差する交通の要衝に位置しています。アクセスの利便性が高い反面、週末や夕方の渋滞ポイントとしても知られているため、進入経路の選定が大切です。
自家用車で訪れる場合、佐世保市街地方面からのアクセスは国道35号線を南下するルートが基本ですが、土日祝日の14時から17時にかけては大塔交差点付近で右折・左折待ちの車列が伸びます。立体駐車場と屋上駐車場、平面駐車場の3層構造になっていますが、雨天時は濡れずに店内へ入れる立体駐車場から埋まっていきます。少しでも混雑を避けたい場合は、屋上駐車場を目指すか、幹線道路から1本入った裏手側の出入口を利用するのが現場の知恵です。
公共交通機関を利用する場合は、西肥バスの運行路線が充実しています。「大塔イオン前」停留所が店舗至近に設置されており、佐世保駅前方面や早岐・ハウステンボス方面を結ぶ路線バスが日中も定期的に運行されています。また、JR大塔駅からも徒歩約5〜7分と徒歩圏内にあるため、車を運転しない学生や高齢者にとってもアクセスしやすい立地条件が保たれています。
