現在の小樽駅舎は1934年（昭和9年）に完成した3代目であり、北海道内最古の鉄筋コンクリート造駅舎として知られています。東京都の上野駅をモデルに設計されたシンメトリーな外観と、アールデコ様式を取り入れた重厚な構造が特徴で、2006年には国登録有形文化財に指定されました。
改札口やコンコース、ホームの窓辺に飾られたランプは、地元を代表するガラスメーカー「北一硝子」から1987年に寄贈されたもの。現在では合計333灯の石油ランプ（電気式）が構内を照らしており、夕暮れ時から夜にかけては一層幻想的な雰囲気を醸し出します。JR北海道の公式記録や地元郷土史料によると、かつてニシン漁や石炭の積み出し港として栄えた小樽の繁栄を今に伝えるモニュメントとして、駅自体が第一級の観光資源として保存・活用されています。
また、4番ホームは「裕次郎ホーム」と呼ばれ、小樽にゆかりの深い昭和の大スター・故石原裕次郎氏にちなんだ記念撮影スポットや等身大パネルが設置されています。列車を降りた瞬間から歴史と文化を肌で感じられる設計は、全国の主要駅の中でも極めてユニークな存在感を放っています。
