受験生や一般層が最も混乱しやすいポイントが、公立の京都市立芸術大学（京都芸大・京芸）と、私立の京都芸術大学（瓜芸・旧京都造形芸術大学）の混同です。この問題は、2020年4月に京都造形芸術大学が「京都芸術大学」へと名称変更を強行した際、京都市立芸大側が名称使用の差し止めを求めて提訴したことで全国的なニュースとなりました。
司法判断の結果、請求は棄却され法的名称としては確定しましたが、現場レベルでは依然として厳格な棲み分けがなされています。両校の決定的な差異は以下の3点に集約されます。
- 設置形態と学費の格差：京都市立芸術大学は公立大学法人であり、年間授業料は約53.5万円（京都市民枠等の優遇あり）。対する京都芸術大学は学校法人瓜生山学園が運営する私立大学で、学費は公立の約3倍となります。
- キャンパス立地と環境：京都市立芸大は2023年に京都駅東部（崇仁地域）へ全面移転し、都市型アクセスと最新鋭の防音・展示施設を誇ります。京都芸術大学は左京区白川通沿いの瓜生山キャンパスに広大な拠点を構え、急勾配の階段を配した立体的な空間と自然に囲まれた創作環境が特徴です。
- 教育思想の違い：京都市立芸大が東京藝術大学と並ぶ国内最古の公立芸術学校として「伝統・純粋美術・音楽の徹底的な探究」を重んじるのに対し、京都芸術大学は「アートによる社会変革」「ビジネスや産業との連動（ウルトラプロジェクト等）」を前面に押し出すプラグマティックな気風を持っています。
