大病院を受診する際、最もトラブルになりやすいのが「初診時の手続き」と「費用」です。国立病院機構京都医療センターは、国が推進する医療機能分化の方針に基づき「紹介受診重点医療機関」としての役割を担っています。そのため、京都医療センターの初診には紹介状（診療情報提供書）を持参することが基本的な前提となっています。
紹介状を持たずに直接来院して初診を受けることも制度上不可能ではありませんが、健康保険の診療費とは別に国が定めた「特別の料金（選定療養費）」として7,700円（税込）の自己負担が発生します。また、当日の診療状況によっては紹介患者の診察が優先されるため、数時間に及ぶ待機時間が発生するケースも珍しくありません。
円滑な受診を実現するためには、まず地域のクリニック・医院（かかりつけ医）で診察を受け、そこから医療連携窓口を通じて初診予約を取得してもらうルートが最も確実です。京都医療センターの外来受付時間は、原則として平日の午前8時30分から午前11時までとなっており、再来受付機や各科の稼働スケジュールもこれに準じています。
通院中の予定変更や再診の予約変更を希望する場合は、専用の電話窓口を利用します。京都医療センターの電話番号と予約変更窓口は平日午後に稼働していますが、午前中は外来対応や代表電話の着信が集中するため、電話が繋がりにくい傾向があります。変更や問い合わせは、混雑のピークを過ぎた午後2時以降にかけるのがスムーズに手続きを進めるための実用的な知恵です。
