これまでに「指原莉乃の彼氏」として名前が挙がった人物は複数存在します。しかし、客観的な事実関係を精査していくと、大半が単なる番組内のトークやネット上の過剰な推測に過ぎないことが浮き彫りになります。
唯一、彼女のキャリアに決定的な影響を与えたのが2012年6月の週刊文春による過去のスキャンダル報道でした。研究生時代に関係を持っていたとされる一般男性(元ファン)による告発記事が掲載され、当時の総合プロデューサー・秋元康氏が出演するラジオ番組内でHKT48への電撃移籍が発表された一件です。この出来事は指原莉乃にとって最大の挫折であったと同時に、自虐ネタへと昇華して逆転劇を果たす契機にもなりました。
その後、バラエティ番組での共演をきっかけに噂された人気俳優の犬飼貴丈や、Kis-My-Ft2の千賀健永、EXITの兼近大樹などとの交際疑惑も浮上しましたが、これらはいずれも「番組内での軽妙な掛け合い」や「共通の知人を介した友人関係」が一人歩きしたものであり、交際の事実を裏付ける証拠はありませんでした。