日本国内の住宅地で被害のほぼ100％を占めているのは、体長わずか4〜5cmほどのアブラコウモリ（別名：イエコウモリ）です。彼らは視力が非常に弱い代わりに、喉から人間には聞こえない高周波の音波を発し、跳ね返ってきた反響を耳で捉えて周囲の空間や獲物の位置を把握する「エコーロケーション（反響定位）」という高度な能力を持っています。
アブラコウモリが普段の飛行や障害物検知で用いる周波数は約30kHz〜50kHzとされています。このエコーロケーションの帯域に干渉する強烈な周波数の音（おおむね20kHz〜100kHzの超音波）を放射されると、コウモリはナビゲーション能力を乱され、強いストレスや不快感を覚えます。これが「コウモリは超音波や特定の高周波を嫌う」とされる科学的根拠です。
一方で、人間（特に若年層）に聞こえる高音である「モスキート音」（約17kHz前後）は、コウモリにとっては可聴域の下限付近に過ぎず、嫌悪刺激としての威力はほとんどありません。人間にとって不快な金属音やモスキート音を大音量で流しても、コウモリを追い払う効果は期待できず、近隣トラブルの原因になるリスクのほうが遥かに高いため注意が必要です。
