後世の軍記物や創作物では、関ヶ原の戦いにおいて「東軍（徳川方）を支援したねね派」と「西軍（石田三成方）を推した茶々派」の激しい対立が描かれてきました。しかし、近年の史料研究では、ねねと茶々の確執は誇張された虚構であるという見解が定説化しつつあります。
実際、秀吉の生前はもちろん、死後においても二人が贈答品を頻繁にやり取りし、秀頼の成長を共に見守っていた記録が残されています。ねねが大坂城を退去して京都へ移ったのも、不仲による追放ではなく、「豊臣家の家督を完全に秀頼と生母・淀殿へ一本化し、自らは朝廷交渉や宗教的祈祷によって豊臣家を外側から守る」という極めて合理的な政治的分業であったことが判明しています。
豊臣秀頼の「父親の真相」｜ネット上の密通説を検証する
一部の俗説やネット上の噂において、「秀頼は秀吉の実子ではなく、大野治長や石田三成との間にできた子ではないか」という疑惑が語られることがあります。秀吉が小柄で猿に似ていたのに対し、秀頼が「身長約197cm、体重160kg」とも伝わる並外れた巨漢であったという記述（『長沢聞書』など）がその根拠として挙げられます。
しかし、近世史の専門研究者たちはこの密通説を明確に否定しています。その理由は以下の通りです。
- 大坂城の厳重な奥の警備体制：淀殿の寝所は多数の女房・侍女によって24時間体制で厳重に管理されており、外部の男性が密通することは物理的に不可能であった。
- 浅井家の遺伝的形質：淀殿の父・浅井長政、祖父・浅井久政も当時の記録において大柄な偉丈夫として知られており、秀頼の体格は母方（浅井家）の遺伝的特徴を色濃く受け継いだと考えるのが医学的・生物学的に極めて自然である。
- 秀吉本人の完全な認知：秀吉自身が秀頼の誕生を狂喜乱舞して受け入れ、遺言状に至るまで異常なほどの愛情を注いで後事を託している。
歴史的事実に基づけば、秀頼は間違いなく秀吉と茶々の間に生まれた正統な後継者であり、父親疑惑は豊臣家を貶めるために後世に作られた俗説に過ぎません。
