非常に魅力的な施設である一方、ネット上の情報を鵜呑みにして訪れるとトラブルになりかねない「見落としがちな盲点」も存在します。
第一の盲点は無料駐車場の収容台数と混雑タイミングです。普通車用として約40台分のスペースが用意されていますが、土日祝日の正午前後には満車となるケースが頻発します。満車時の待機列待ちは周辺道路の交通安全上制限される場合があるため、近隣の「アーバンドック ららぽーと豊洲」等の大型有料駐車場を利用するか、最初から公共交通機関を選択する柔軟性が求められます。
第二の盲点はお弁当持ち込みに関するルールです。持参したお弁当や離乳食の飲食は許可されていますが、館内どこでも自由に食べて良いわけではありません。飲食可能な場所は「わいわいポケット」などの指定された休憩スペースや、気候の良い日の「屋上芝生広場」に厳格に限定されています。また、館内にゴミ箱は設置されていないため、発生したゴミはすべて各自で持ち帰るのが基本ルールです。
第三に対象年齢の適正範囲です。科学館の展示は幼児から小学校中学年（年少〜小学4年生前後）をコアターゲットに設計されています。本格的な物理・化学の数式や高度な研究データを求める中高生や大人の単独訪問の場合、やや初歩的・子ども向けに感じられる可能性がある点を認識しておく必要があります。
