専門的な土木工学を誰にでも直感的に理解できるよう工夫されているのが、館内のインタラクティブ展示です。橋の科学館のVR体験や3Dシアターでは、普段は立ち入ることができない主塔の最頂部（海面から約300メートル）からの大パノラマや、強風が吹き荒れる海峡上空での架線作業を臨場感あふれる映像で追体験できます。
特に注目を集めているのが、長さ約40メートルにも及ぶ大型風洞実験模型です。明石海峡の厳しい自然環境下で、橋桁が風による振動（フラッター現象）で崩壊しないよう、どのような断面形状が開発されたのかを可視化する装置は、大人から子どもまで知的好奇心を強く揺さぶられます。
ボタン操作で揺れを抑制する「TMD（チューンドマスダンパー）」の制震効果を確かめられる実験装置など、物理の原理を手を動かして学べる仕掛けが随所に配置されています。
