ミロカロスの色違いは、全ポケモンの中でもトップクラスのカラーリングの美しさを誇ります。通常色と色違いのグラフィック上の差異を詳細に比較すると、その変化は胴体、頭部の触覚（眉状の突起）、そして扇状に広がる尾びれにまで及んでいます。
通常色のミロカロスは、頭部の触覚が鮮やかなピンク色で、首元のウロコや尾びれのモザイク模様が水色とピンクのツートンカラーで構成されています。これに対して色違いのミロカロスは、頭部の触覚が上品でメタリックな輝きを帯びたラベンダーパープル（薄紫）へと変化し、尾びれのモザイクは深みのあるエメラルドグリーンとシアンブルーに染め上げられます。胴体のクリーム色もより白銀に近い透明感を放ち、水中に佇む姿はまさに「世界一美しいポケモン」の名にふさわしい神秘性を漂わせています。
さらに見逃せないのが、オスメスの見た目の違い（性別差）です。ミロカロスは性別によって頭部の触覚の長さが明確に差別化されています。メスは触覚が非常に長く、胴体の中ほどまで優雅に伸びているのに対し、オスは触覚が短く頭部の後ろあたりで途切れるコンパクトな形状をしています。この優美なロングテールのシルエットが色違いのカラーリングと完璧に調和することから、ファンの間では「色違いミロカロスはメス個体で厳選したい」というこだわりを持つプレイヤーが圧倒的多数を占めています。
