鳳凰堂の中央に安置されている本尊の「木造阿弥陀如来坐像」は、平安時代を代表する仏師・定朝（じょうちょう）の手による唯一の確実な遺作であり、国宝に指定されています。寄木造の技法を完成させた定朝の作風は「和様」と呼ばれ、ふくよかで穏やかな表情、優美なプロポーションは平安彫刻の最高傑作です。本尊を取り囲む壁面には、52躯の「雲中供養菩薩像」が様々な楽器を奏でたり舞を踊ったりしながら雲に乗る姿が立体的に表現されており、息をのむ美しさを放っています。
境内の一角にある「平等院ミュージアム鳳翔館」も見逃せません。景観に配慮して建物の大半が地下に設計された先進的な博物館で、かつて鳳凰堂の屋根を飾っていた初代の国宝「鳳凰（1対）」や、国宝「梵鐘」、雲中供養菩薩像の実物26躯が間近で鑑賞可能です。最新のデジタル技術を駆使した鳳凰堂内部の極彩色復元映像などもあり、創建当時のまばゆい輝きを体感できます。
