シンガポールに定住した音吉は、スコットランド系とマレー系の血を引く女性と結婚し、その後マレー系の女性（ルイザ）との間に一男二女をもうけました。長男のジョン・W・オトソン（John William Ottoson）は父の意志を継ぎ、後に日本の開国後に横浜へ渡って貿易業に従事しました。
2026年現在、音吉の直系・傍系の子孫たちはシンガポール、オーストラリア、そして日本国内にも点在しており、それぞれの地で社会に貢献しています。長年「異国に消えた幻の漂流民」とされていた音吉の家系図は、近年の日星両国の研究者による公文書調査によって次々と立証されました。
音吉の生涯における最大のドラマは、死後130年以上を経て訪れます。1867年に49歳でシンガポールにて病没した音吉の墓は長らく所在不明でしたが、2004年にシンガポールの日本人墓地公園内で調査隊によって特定されました。
翌2005年、生誕地である愛知県美浜町の関係者や顕彰会、日本・シンガポール両政府の協力により、音吉の遺骨は173年ぶりに故郷・美浜町へと帰還（分骨・改葬）を果たしました。現在、美浜町小野浦の「良参寺」には音吉家の墓碑が建ち、海岸近くには太平洋を見つめる「音吉記念碑」が建立されています。美浜町では今も音吉を縁としたシンガポールとの教育・文化交流が活発に続けられており、過去の悲劇を越えた友好の懸け橋となっています。
