本編を一度クリアすると、ミシディアの祈りの館で「パーティーメンバーの自由な入れ替え」が可能になります。最終メンバーとして名高いセシル、カイン、エッジ、ローザ、リディア以外にも、ヤン、シド、パロム、ポロム、エドワードの5人を復帰させることができます。
キャラ入れ替えのおすすめとしては、物理アタッカーとして驚異的な手数を誇る「ヤン」や、連続魔で白・黒両方の魔法を撃ち分けられる「パロム＆ポロム」の双子コンビが非常に優秀です。特にヤンは追加装備を獲得することで終盤でも一線級の火力を叩き出します。
入れ替え後は、ミシディア東の島に出現する「試練の洞窟」へ向かいましょう。各フロアに配置された試練を突破することで、離脱していた仲間たちの専用最強装備（ヤンの「ゴッドハンド」、エドワードの「アポロンのハープ」など）を入手できます。
さらに、試練の洞窟をクリアした状態で月の地下渓谷へ行くと、超巨大追加ダンジョン「月の遺跡」へのゲートが開きます。月の遺跡はランダムフロア構造となっており、キャラクターごとの課題をクリアすることで各キャラの「最強防具・武器」が解禁されます。最深部に待ち受ける裏ボス「ゼロムス：EG」を倒すことが、本編における究極の到達目標となります。
