藤代高校の校名を全国区に押し上げた象徴といえば、間違いなく野球部の輝かしい足跡です。過去に春の選抜高校野球大会（センバツ）でベスト8進出を含む2回、夏の全国高校野球選手権大会に1回の甲子園出場を果たしており、私立の強豪がひしめく茨城高校野球界において「公立の雄」として確固たる地位を築いてきました。
専用グラウンドや充実した練習環境が整っており、現在も県大会の上位進出常連校として熱心な活動が続いています。スポーツ推薦に相当する「特色選抜」を活用して県内外から意欲の高い球児が集まる一方、一般入試で入学した部員も切磋琢磨してレギュラーを争う健全な競争環境が維持されています。
また、運動部だけでなく部活動の実績全般が充実している点も特徴的です。弓道部や吹奏楽部、美術部、陸上競技部など、各部が県大会や地区大会で好成績を残しており、「勉強だけに追われることなく、高校生活で情熱を注げる打ち込み体験を持ちたい」という生徒たちにとって、理想的な文武両道環境が用意されています。
