日本総合研究所の給与水準は、日本のシンクタンクおよびSIer業界の中でトップクラスに位置づけられます。有価証券報告書等の公開データや各種就職・転職オープンデータを総合すると、平均年収は850万〜950万円前後と推計され、管理職層を含めるとさらに引き上がります。
同社の報酬体系は、基本給に加えて年2回の賞与、残業手当、各種手当で構成されています。特に20代後半から30代前半にかけての昇給カーブが急激であり、主任・調査役クラスへの昇格を果たすと、30歳前後で年収800万〜1,000万円に到達するケースが一般的です。実力主義の評価制度が導入されており、半期ごとの目標達成度やプロジェクトへの貢献度によって賞与額に明確な差がつく設計となっています。
昨今の賃上げ機運や優秀なIT・コンサル人材の獲得競争を受け、新卒採用における初任給の改定も積極的に行われています。学士卒で月額30万円前後、修士了ではそれを上回る水準が設定されており、大手金融グループの手厚い福利厚生（家賃補助制度、カフェテリアプラン、確定拠出年金など）を加味した実質的な可処分所得は、外資系企業と比較しても遜色ない水準を維持しています。
