両者はともにNSAIDs非ステロイド性抗炎症薬の特徴である「シクロオキシゲナーゼ（COX）」という酵素を阻害し、発熱や痛みの引き金となるプロスタグランジンの生成をブロックする仕組みを持っています。しかし、主成分の化学的アプローチには明確な差異があります。
ジクロフェナクとロキソプロフェンの違いを語る上で欠かせないのが「プロドラッグ製剤」の有無です。ロキソニンの有効成分であるロキソプロフェンナトリウム水和物は、胃を通過して腸から吸収された後、肝臓などで代謝されて初めて活性体（痛みを止める形）に変化します。この設計により、胃粘膜に直接触れる段階での刺激を大幅に低減させています。
対してボルタレンの有効成分であるジクロフェナクナトリウムは、成分そのものがダイレクトかつ強烈にCOXを阻害します。抗炎症作用の鋭さは極めて高い反面、プロドラッグではないため消化管粘膜への直接的な負荷がかかりやすい性質を持っています。
