海の上を走るフェリーである以上、台風や冬の猛吹雪、低気圧による高波の影響で「条件付き運航（途中で引き返す可能性がある運航）」や「欠航」が発生することがあります。
特に冬場の津軽海峡や日本海は時化（しけ）やすく、太平洋側も台風シーズンにはうねりが発生します。乗船当日は各社の公式サイトで発信される「運航状況・発着案内」を必ずリアルタイムで確認しましょう。
もし予約した便が荒天理由で欠航となった場合、運賃は全額無手数料で払い戻しされるか、翌日以降の空席がある便への振替手続きが行われます。万が一の欠航に備え、代替ルート（他社フェリーへの振替や青函トンネル経由の新幹線移動など）のバックアッププランを頭に入れておくことが、旅の上級者の危機管理です。
