生牡蠣による健康被害が発生した際、何が原因物質であるかによって発症までの時間や病態推移は大きく異なります。
生牡蠣の食中毒で大半を占めるノロウイルスの潜伏期間は24〜48時間です。忘年会やディナーで生牡蠣を食べた場合、翌日の夜から翌々日の朝にかけて突然の強い吐き気、嘔吐、激しい水様便（下痢）、37〜38℃前後の発熱に襲われます。症状のピークは発症から12時間〜24時間の間に集中し、上からも下からも激しい排出が続くため急速に体力を奪われますが、通常は2〜3日で快方に向かいます。
一方、夏場の岩牡蠣などで問題となる腸炎ビブリオの潜伏期間は8〜24時間（最短2〜3時間）と非常に短く、強い腹痛（激しい差し込み痛）と下痢が主症状となります。また、食後30分から2時間以内に皮膚の痒み、蕁麻疹、唇の腫れ、息苦しさなどが現れた場合は食中毒ではなく「牡蠣アレルギー」の可能性が高いため、アレルギー専門外来や救急外来での処置が必要です。
