結論から言えば、植物学上の分類において両者に何の違いもない。「シソ」はシソ科シソ属に属する一年草の植物名だ。日本植物分類学の父と呼ばれる牧野富太郎博士の図鑑などでも知られる通り、学術的な標準和名は「シソ(紫蘇)」であり、「大葉」という名の植物種が独立して存在するわけではない。
学名は Perilla frutescens var. crispa。古くからアジア各地で栽培され、日本でも縄文時代の遺跡から種子が発見されるほど歴史が深い。つまり生物学的なアプローチをとる限り、「シソ」と「大葉」は完全に同一の存在なのだ。