現在、日本国内で展開されているウェンディーズは、ファーストキッチンとの統合業態であるウェンディーズ・ファーストキッチン店舗が中核を担っています。2026年時点におけるウェンディーズの現在店舗数は、全国で約50店舗超。かつての大量出店期と比べると拠点数は絞り込まれているものの、主要都市のターミナル駅周辺や大型商業施設を中心に堅実な営業を続けています。
首都圏において最も店舗が集中しているのが東京都内です。ウェンディーズの東京店舗一覧を俯瞰すると、新宿、池袋、渋谷、上野、六本木、日比谷といったメガターミナル駅の駅前に大型店が構えられており、通勤・通学客やインバウンド観光客で賑わいを見せています。
また、首都圏ベッドタウンを支える神奈川のウェンディーズ店舗も根強い人気を誇ります。横浜駅周辺をはじめ、川崎、藤沢、鎌倉といった湘南・東海道エリアの主要駅前に展開しており、地元住民の憩いの場として定着しています。
一方、西日本エリアの要である大阪のウェンディーズ店舗は、梅田の地下街や難波、心斎橋といったキタ・ミナミの繁華街に拠点を確保しています。関西圏では京都や兵庫（神戸三宮周辺）にも展開しており、近畿主要都市でのアクセス性はしっかりと維持されています。
