忍者からくり屋敷の館内は、コンパクトながら複数の体験ゾーンに分かれており、息をつく暇もない構成で展開されます。メインとなるプログラムは主に3つの要素で成り立っています。
第一の関門は「からくり部屋の探索」です。一見すると何の変哲もない和室に見えますが、壁や畳、調度品に至るまで様々な防衛・脱出用の仕掛けが施されています。忍者の合図とともに参加者自身が部屋中を調べ、壁が回転して現れる隠し通路や刀隠しの仕掛けを見つけ出すプロセスは、脱出ゲームのような達成感を提供します。
第二のハイライトが「手裏剣道場での投擲体験」です。多くの簡易体験施設で見られるプラスチック製やゴム製のおもちゃではなく、ずっしりとした重量感のある本格的な鉄製手裏剣（安全対策として刃先は丸められています）を使用します。的までの距離や構え方、手首のスナップを忍者から直接指導され、的に「ズシッ」と突き刺さる感覚を味わえる点は、子供だけでなく大人も夢中になる要素です。
第三の体験として「模造刀を用いた抜刀と構えのレクチャー」が用意されています。侍の刀と忍者刀の構造の違い、狭い屋内で戦うための独自の抜刀術など、歴史的背景に基づいた解説を受けながら記念撮影を行うことができます。スタッフが来訪者のスマートフォンを預かり、臨場感あふれるポーズ指導とともに撮影をサポートしてくれる点も、旅の記録として高い評価を得ています。
