東海道・山陽・九州新幹線をチケットレスで利用できる「スマートEX」や「エクスプレス予約（EX予約）」では、在来線からの乗り換え時に特別な操作は不要です。しかし、スマートEX乗り換え改札通れない理由の多くは事前の設定ミスに集中しています。
改札をスムーズに通過するためには、乗車前に完了させておくべきEX予約交通系ICカード連携手順を再確認しておく必要があります。会員メニューの「指定席・自由席予約」画面から「乗車用ICカードの指定」へ進み、手持ちのSuicaやICOCA裏面に記載された英数字17桁のカード番号（モバイルSuicaの場合はアプリ画面に表示される番号）を正確に登録しておかなければなりません。
正しく連携されていれば、スマートEX在来線乗り継ぎ精算の仕組みにより、在来線に乗ってきたICカードを新幹線乗り換え改札にタッチするだけで自動精算されます。在来線の出場処理と新幹線の入場処理が1回のタッチで同時に完了し、改札機からは座席番号が印字された「EXご利用票（座席のご案内）」が排出されます。
