頭部の粉瘤を完治させる唯一の手段は、原因となっている「嚢腫の袋」を手術で物理的に完全摘出することです。現在、専門医療機関で主流となっている術式には大きく分けて2種類が存在します。
第一の選択肢が、低侵襲手術の代表格である「くり抜き法（トレパン法／パンチ法）」です。この術式では、直径2〜4mm程度の専用の円形メスを用い、粉瘤の中央に極小の穴を開けます。そこから内部に充満した皮脂や角質を圧出・吸引してしこりを一度萎ませた後、しぼんだ嚢腫の袋をピンセットなどで小さな穴から慎重に引き抜いて完全摘出します。
くり抜き法の最大のメリットは、「髪の毛を1本も剃る必要がない（ノンシェービング）」点にあります。傷口が数ミリと極めて小さいため、縫合すら不要か、あるいは極細の糸で1針寄せる程度で済みます。手術時間は5分〜15分程度で完了し、術後はガーゼや小さな保護材を当てるだけで、翌日から洗髪（シャワー）が許可されるケースがほとんどです。
一方、従来の「切開摘出法」は、しこりの直上を紡錘形（木の葉状）に切開し、袋を破かないよう周囲組織から剥離して丸ごと取り出す手法です。大きな粉瘤や、過去の炎症によって周囲と強固に癒着しているケースでは切開法が選択されますが、現代の形成外科医は切開法を行う場合であっても、毛根を傷つけないよう髪の生える角度に沿ってメスを入れ、剃毛を最小限（または無剃毛）に抑える工夫を凝らします。
局所麻酔時には極細の針を用い、麻酔液の注入速度をコントロールすることで注射時の痛みを最小限に抑える配慮がなされており、手術中に痛みを感じることは原則としてありません。
