ファンからの要望が圧倒的であるにもかかわらず、リメイクが実現に至っていない理由には、開発体制とゲーム構造上の明確なハードルが存在します。
第一の理由は、レベルファイブの開発リソースの集中です。同社は『イナズマイレブン 英雄たちのヴィクトリーロード』や『レイトン教授と蒸気の新世界』、『デカポリス』といった大型フラグシップタイトルの開発に全力を注いでおり、クラシックタイトルのリマスターに割くリソースが制限されていた経緯があります。
第二に、3DS特有の「2画面・タッチパネル仕様」の再構築コストが挙げられます。『妖怪ウォッチ2』は、下画面での妖気チャージ、お祓いギミック、妖怪レンズの操作などが前作以上に複雑化しており、単一画面への最適化には相応の開発工数とUI再設計が求められます。
第三に、「元祖」「本家」「真打」という3バージョン商法の扱いです。現行市場において3バージョンをそのまま分売するのはユーザーフレンドリーとは言えず、1本のソフトとして統合・再編集するための調整が必要になる点も開発側の判断を慎重にさせている要因と考えられます。