私生活にまつわる動向も常に注目を集める要素です。乙武さんは2001年に大学の後輩女性と結婚し、3人の子供（2男1女）に恵まれましたが、2016年に週刊誌報道をきっかけとして協議離婚が成立しました。
離婚後のプライベートに関しては、時折新たな交際相手や再婚の噂がネット上で囁かれますが、現時点で再婚の事実はなく独身を続けています。かつて一部メディアで報じられた若い女性との真剣交際についても、本人はオープンかつ誠実に事実関係を説明しており、隠し立てのない姿勢を見せています。
子供たちとの関係性については、プライバシーを守るため詳細な公表は控えているものの、父親としての責任を果たしつつ一定の距離感で見守り続けていると伝えられています。過去の過ちを真摯に受け止めつつ、人間関係を再構築してきたプロセスが現在の落ち着いた生活基盤につながっています。
