客室は、伝統的な和室を中心に、現代のライフスタイルに合わせた和洋室や展望風呂付き客室など多彩なタイプが用意されています。どのお部屋の窓からも祖谷の豊かな山林が望め、川のせせらぎや鳥のさえずりに包まれる優雅な滞在が叶います。清掃が行き届いた清潔感のある空間づくりと、必要十分なアメニティ（浴衣、各種タオル、スキンケアセット、Wi-Fi環境）が完備されており、長期滞在でも快適に過ごせます。
ホテル秘境の湯の宿泊予約を検討する際は、旅行日程に合わせた早めの手続きが推奨されます。特に紅葉が見頃を迎える10月下旬から11月中旬、およびゴールデンウィークや夏休み期間は予約が集中します。季節ごとの限定会席プランや、連泊割引、早期割引プランを上手に比較・選択することが、賢くお得に宿泊するための重要なポイントです。
