母子保健の分野において同院が誇るのが「総合周産期母子医療センター」である。ハイリスク妊娠や新生児集中治療（NICU・GCU）に対応できる専門設備を有し、産科と小児科、新生児科が密接に手を取り合う態勢が敷かれている。高度な新生児救急搬送システムを運用し、地域全体のお産と生育を全力でサポートする。
さらに、さらなる高度先端医療や特殊症例への対応においては「熊本大学病院」との緊密な診療・技術連携が大きな強みとなっている。医師の相互派遣や研究交流を通じて医療の質を常に高水準に保ち、難治性疾患に対する最新の医療ソリューションを地域住民に還元している。
