健康診断で指摘を受けやすい痛風や腎機能低下のリスクを抱える人にとっても、納豆の過剰摂取は看過できない問題だ。納豆には100gあたり約114mgのプリン体が含まれており、これは植物性食品の中では比較的高い数値に分類される。痛風患者や高尿酸血症の傾向がある人が毎日のように何パックも食べ続ければ、尿酸値の急上昇を招き、激痛を伴う発作を引き起こす恐れがある。
また、厚生労働省が策定する食事摂取基準においても、各種栄養素の耐容上限量が細かく定められている。例えば大豆イソフラボンは、安全な摂取上限目安量が1日あたり70〜75mg（サプリメント等の上乗せは30mg）とされている。納豆1パックには約35mgのイソフラボンが含まれるため、毎日2パック以上を食べ続けると、ホルモンバランスの乱れを引き起こすリスクが生じる。
体に良いとされる成分であっても、過剰に摂取すれば臓器への過度な負担となる。厚生労働省が推奨する多角的な栄養バランスの観点からも、特定の食品だけに依存して過剰に摂取する食生活は決して推奨されない。
