台風の影響によって列車が運休になった場合、あるいは旅行自体を取りやめる場合、新幹線チケットの取り扱いは通常時とまったく異なる「特例措置」が適用される。
最大のポイントは、払い戻し手数料が全額免除（無料）になる点だ。この無償払い戻し・変更ルールは、実際に乗る予定だった列車が途中で運休になった場合だけでなく、JRが「台風の影響により列車の遅延・運休が見込まれる」と対象エリア・期間を指定した段階で適用される。
みどりの窓口へ大行列を作る必要もない。スマートEXやえきねっと、JR九州アプリなどの会員であれば、アプリやWeb画面上から手数料0円で変更・払戻手続きが即座に完結する。すでに紙の切符を発券している場合でも、乗車予定日から1年以内に最寄りのJR駅窓口へ持参すれば全額返金されるため、暴風雨のなか無理をして駅へ向かう必要は一切ない。
